एक ही फसल के मौसम (cropping season) में शाकनाशियों (herbicides), कीटनाशकों, कवकनाशकों, एंटीडोट्स, उर्वरकों आदि का एक साथ या क्रमिक उपयोग किया जाता है। ये रसायन भौतिक और रासायनिक गुणों में परिवर्तन के दौर से गुजर सकते हैं, जिससे एक या अधिक यौगिकों की प्रभावकारिता में वृद्धि या कमी हो सकती है। मिट्टी में लगातार रसायनों या उनके अवशेषों के निर्माण के कारण फसल के मौसम के बाद या अगले मौसम में अंतःक्रिया के प्रभाव बहुत बाद में देखे गए। विभिन्न रसायनों की अंतःक्रियाओं का ज्ञान एक मजबूत और प्रभावी पादप संरक्षण कार्यक्रम के निर्माण और अपनाने में सहायक हो सकता है। यह खरपतवार और अन्य कीट समस्याओं के प्रभावी उन्मूलन के लिए विभिन्न कीटनाशकों के बीच सहक्रियात्मक और विरोधी अंतःक्रियाओं का लाभ उठाने में भी मदद कर सकता है।
जब दो या दो से अधिक रसायन पौधे में जमा होते हैं, तो वे एक-दूसरे के साथ प्रतिक्रिया कर सकते हैं और प्रतिक्रियाएं उत्पन्न कर सकते हैं। इन प्रतिक्रियाओं को योगात्मक, सहक्रियात्मक, विरोधी, स्वतंत्र और वृद्धि प्रभाव के रूप में वर्गीकृत किया गया है।
मिट्टी में लगाए गए शाकनाशी विफल हो जाते हैं जब उनके उपयोग के बाद 10-15 दिनों का सूखा होता है। उद्भव-पूर्व शाकनाशी (Pre-emergence herbicides) प्रकाश-अपघटन (photo-decomposition), वाष्पीकरण और हवा के बहने से नष्ट हो सकते हैं, जबकि मिट्टी में लगाए गए शाकनाशियों को सक्रिय करने के लिए कुछ मात्रा में पानी वांछनीय है, इसकी अधिकता शाकनाशी को फसल के बीज (crop seed) और जड़ क्षेत्र में लीच कर सकती है। यह फसलों को नुकसान पहुंचा सकता है और दूसरी ओर, इसके परिणामस्वरूप खराब खरपतवार नियंत्रण होता है। भारी वर्षा पर्णसमूह से शाकनाशियों को धो सकती है।
लगातार गीला मौसम कुछ फसलों को अत्यधिक रसीला बनाकर उनमें शाकनाशी की चोट (herbicide injury) पैदा कर सकता है। उदाहरण: मक्का के पौधे आम तौर पर एट्राजीन के प्रति सहनशील होते हैं, लेकिन वे गीले मौसम में अतिसंवेदनशील हो जाते हैं, खासकर जब हवा का तापमान कम होता है। अतिरिक्त रसीलापन एट्राजीन के अवशोषण को बढ़ाने के लिए पाया गया है और कम तापमान पौधों के अंदर इसके चयापचय को कम करता है। उपयोग किए गए पानी की गुणवत्ता भी शाकनाशी की क्रिया (herbicide action) को निर्धारित कर सकती है। धूल भरा पानी पैराक्वाट (paraquat) की क्रिया को कम कर देता है। कैल्शियम क्लोराइड युक्त पानी ग्लाइफोसेट की पादप विषाक्तता को कम करता है।
ये रसायन अनुशंसित दरों पर आमतौर पर हानिकारक नहीं होते हैं। किसी कीटनाशक की उपस्थिति में शाकनाशी के प्रति पौधों की सहनशीलता बदल सकती है और इसके विपरीत भी हो सकता है। कपास और जई पर मोनुरोन (monuron) और ड्यूरॉन (diuron) की पादप विषाक्तता (phyto-toxicity) तब बढ़ जाती है जब इसे फोरेट के साथ लगाया जाता है। फोरेट ट्राइफ्लुरालिन के साथ विरोधी रूप से अंतःक्रिया करता है ताकि कीटनाशक निगमन के क्षेत्र में द्वितीयक जड़ों को उत्तेजित करके कपास की उपज बढ़ाई जा सके।
प्रोपेनिल (Propanil) चावल पर बीज उपचार के रूप में उपयोग किए जाने वाले कुछ कार्बामेट और फॉस्फेट कीटनाशकों के साथ अंतःक्रिया करता है। लेकिन बीज उपचार के रूप में क्लोरीनयुक्त हाइड्रोकार्बन कीटनाशकों ने प्रोपेनिल के साथ अंतःक्रिया नहीं की है। जब प्रोपेनिल को कार्बोफ्यूरान उपचार के 7 और 56 दिनों के बीच के अंतराल पर लगाया जाता है, तो इसके परिणामस्वरूप चावल को वानस्पतिक रूप से अधिक चोट लगती है।
शाकनाशी कवकनाशकों के साथ भी अंतःक्रिया करते हैं। डाइनोसेब मूंगफली में तना सड़न की गंभीरता को कम करता है। निष्फल मिट्टी में, क्लोरोक्सुरॉन मटर के पौधों को कोई स्पष्ट चोट नहीं पहुंचा रहा है, जबकि गैर-निष्फल मिट्टी में राइजोक्टोनिया सोलानी की उपस्थिति में यह चोट का कारण बनता है। ऑक्साडियाज़ोन (Oxadiazon) मूंगफली में मिट्टी जनित रोगजनक स्क्लेरोटियम रॉल्फसी के कारण होने वाले तना सड़न की घटनाओं को कम करता है। ड्यूरॉन और ट्राईज़ीन जो प्रकाश संश्लेषण को रोकते हैं, पौधों को तंबाकू मोज़ेक वायरस के प्रति अधिक संवेदनशील बना सकते हैं। दूसरी ओर, ड्यूरॉन गेहूं में जड़ सड़न की घटनाओं को कम कर सकता है।
खेतों में शाकनाशियों को उर्वरकों के साथ अंतःक्रिया करते पाया गया है। उदाहरण: तेजी से बढ़ने वाले खरपतवार जिन्हें पर्याप्त नाइट्रोजन मिल रहा है, वे खराब उर्वरता वाली भूमि पर धीमी गति से बढ़ने वाले खरपतवारों की तुलना में 2,4-डी (2,4-D) और ग्लाइफोसेट के प्रति अधिक संवेदनशीलता दिखाते हैं। अमोनियम सल्फेट को टैंक में मिलाने पर ग्लाइफोसेट की गतिविधि बढ़ जाती है। नाइट्रोजन फसलों में मेरिस्टेमेटिक गतिविधि को इतना मज़बूत करता है कि वे शाकनाशियों के प्रति अतिसंवेदनशील हो जाती हैं। एट्राजीन की उच्च दरें मक्का और ज्वार (sorghum) के लिए अधिक विषैली होती हैं जब उन्हें फॉस्फोरस की उच्च दरों के साथ लगाया जाता है।
सूक्ष्मजीव मिट्टी में शाकनाशियों के दृढ़ता व्यवहार में एक प्रमुख भूमिका निभाते हैं। मिट्टी के सूक्ष्मजीवों में मिट्टी में मौजूद शाकनाशियों को विषमुक्त और निष्क्रिय करने की क्षमता होती है। शाकनाशियों के कुछ समूह दूसरों की तुलना में सूक्ष्मजीवों के माध्यम से अधिक आसानी से निम्नीकृत हो जाते हैं। अंतर शाकनाशी के आणविक विन्यास में निहित है। शाकनाशी क्षरण (herbicide degradation) में शामिल सूक्ष्मजीवों में बैक्टीरिया, कवक, शैवाल, फफूंदी आदि शामिल हैं। इनमें से, बैक्टीरिया प्रमुख हैं और इनमें एग्रोबैक्टीरियम, आर्थ्रोबैक्टर, एक्रोमोबैक्टीरियम, बैसिलस, स्यूडोमोनास, स्ट्रेप्टोमाइसेस, फ्लेवोबैक्टीरियम, राइजोबियम आदि पीढ़ियों के सदस्य शामिल हैं। कवक में फुसैरियम, पेनिसिलियम आदि पीढ़ियों के जीव शामिल हैं।
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