Which of the following parameters affect the annealing of primer to the template in PCR? (A) Nucleotide sequence of the primer. (B) Temperature of annealing. (C) Specificity of Taq DNA Polymerase. (D) GC content of the template. (E) Concentration of Mg2+ ions. Choose the correct answer from the options given below:
PCR में टेम्पलेट से प्राइमर के एनीलिंग (annealing) को
निम्नलिखित में से कौन-से पैरामीटर प्रभावित करते हैं? (A) प्राइमर का न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम। (B) एनीलिंग का तापमान। (C) Taq DNA पोलीमरेज़ की विशिष्टता। (D) टेम्पलेट की GC मात्रा। (E) $\text{Mg}^{2+}$ आयनों की सांद्रता। नीचे दिए गए विकल्पों में से सही उत्तर चुनिए:
EXPLANATION
PCR Primer Annealing Factors
Factors determining primer-template annealing in PCR:
Primer nucleotide sequence determines complementary hydrogen bonding and melting temperature ($T_m$).
Annealing temperature directly controls hybridization stringency.
Taq DNA polymerase specificity influences extension fidelity and processivity during elongation, but does not affect the thermodynamic hybridization of primers to template strands.
Template GC content affects secondary structures and strand dissociation.
Divalent $\text{Mg}^{2+}$ ions shield negative charges on DNA phosphate backbones, greatly affecting annealing kinetics and stability.
Therefore, (A), (B), (D), and (E) only influence primer annealing (Option 2).
PCR में प्राइमर एनीलिंग को प्रभावित करने वाले कारक:
प्राइमर का न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम $T_m$ मान और हाइड्रोजन बंधन को निर्धारित करता है।
एनीलिंग का तापमान सीधे संकरण (hybridization) को नियंत्रित करता है।
Taq DNA पोलीमरेज़ की विशिष्टता दीर्घीकरण चरण में काम आती है, प्राइमर एनीलिंग के भौतिक संकरण को प्रभावित नहीं करती।
टेम्पलेट की GC मात्रा द्वितीयक संरचना और एनीलिंग को प्रभावित करती है।
$\text{Mg}^{2+}$ आयन DNA फॉस्फेट की रीढ़ को स्थिर कर एनीलिंग स्थिरता को बदलते हैं।
अतः (A), (B), (D) और (E) सही हैं (विकल्प 2)।
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Q.117
ICAR AIEEA PG Animal Biotechnology 09 July 2023 (Shift 1) Paper
Cycle threshold ($C_t$) reflects initial template quantity, not sequence specificity.
Product sequencing is an independent downstream verification method, not an integral step of real-time PCR run analysis.
Fluorescence intensity reflects accumulated double-stranded DNA during SYBR Green assays, including non-specific products.
Melt curve (dissociation curve) analysis measures fluorescence decay as temperature rises slowly post-amplification; specific amplicons produce a distinct, sharp melting peak at their characteristic melting temperature ($T_m$), easily differentiating them from primer-dimers and non-specific products.
Therefore, option 4 (Melt curve analysis) is the correct answer.
qPCR में प्रवर्धन विशिष्टता का सत्यापन:
साइकिल थ्रेशोल्ड ($C_t$) प्रारंभिक टेम्पलेट की मात्रा दर्शाता है।
अनुक्रमण एक अलग तकनीक है।
प्रतिदीप्ति तीव्रता कुल dsDNA को मापती है।
मेल्ट कर्व विश्लेषण (Melt curve analysis) तापमान बढ़ने पर प्रतिदीप्ति में गिरावट को मापता है; विशिष्ट उत्पाद अपने निश्चित गलनांक ($T_m$) पर एक स्पष्ट एकल पीक दर्शाते हैं, जिससे वे प्राइमर-डाइमर और गैर-विशिष्ट उत्पादों से अलग पहचाने जाते हैं।
अतः विकल्प 4 सही उत्तर है।
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Q.118
ICAR AIEEA PG Animal Biotechnology 09 July 2023 (Shift 1) Paper
Features and utility of Bacterial Artificial Chromosomes (BAC):
Assertion (A) is true: Modern BAC cloning vectors (such as pBeloBAC11) are extensively used to generate run-off RNA transcripts for in vitro translation experiments.
Reason (R) is true: BAC vectors are derived from the E. coli fertility plasmid (F-factor) and are engineered with bacteriophage promoters, specifically SP6 and T7 promoters, flanking the multiple cloning site.
The presence of SP6 and T7 phage promoters enables high-yield, specific in vitro transcription of the insert into translatable RNA transcripts, fully explaining Assertion (A).
Therefore, both (A) and (R) are true and (R) is the correct explanation of (A).
जीवाणु कृत्रिम गुणसूत्र (BAC) की विशेषताएं:
अभिकथन (A) सत्य है: BAC वेक्टर्स का उपयोग इन विट्रो अनुवाद के लिए आवश्यक RNA प्रतिलेखों के संश्लेषण में व्यापक रूप से किया जाता है।
कारण (R) सत्य है: BAC वेक्टर्स ई. कोलाई के F-कारक प्लास्मिड पर आधारित होते हैं और इनमें क्लोनिंग साइट के दोनों ओर बैक्टीरियोफेज SP6 और T7 प्रमोटर उपस्थित होते हैं।
SP6 और T7 प्रमोटरों की उपस्थिति ही इन विट्रो RNA प्रतिलेखन और अनुवाद को संभव बनाती है, जो अभिकथन (A) की सही व्याख्या है।
अतः (A) और (R) दोनों सत्य हैं और (R), (A) की सही व्याख्या है।
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Q.119
ICAR AIEEA PG Animal Biotechnology 09 July 2023 (Shift 1) Paper
Standard bacterial plasmids possess bacterial origins of replication (e.g., colE1) and replicate autonomously in bacteria (III).
Yeast Artificial Chromosomes (YACs) contain yeast centromeric (CEN), telomeric (TEL), and autonomously replicating sequences (ARS), replicating in yeast cells (IV).
Cosmids are hybrid vectors matched to mammalian/eukaryotic host transfection systems in this examination scheme (II).
Ti (Tumor-inducing) plasmids from Agrobacterium tumefaciens transfer their T-DNA specifically into plant genomes for plant transformation (I).
Matching pairs: (A)-(III), (B)-(IV), (C)-(II), (D)-(I), corresponding to option 3.
क्लोनिंग वेक्टर और उनकी प्रतिकृतियन विशेषताएं:
मानक प्लास्मिड (Plasmid) जीवाणुओं में प्रतिकृतियन करते हैं, अतः (A)-(III)।
यीस्ट कृत्रिम गुणसूत्र (YAC) यीस्ट कोशिकाओं में प्रतिकृतियन करते हैं, अतः (B)-(IV)।
कॉस्मिड (Cosmid) को इस प्रश्न में स्तनधारी कोशिकाओं के संचरण से सुमेलित किया गया है, अतः (C)-(II)।
Ti प्लास्मिड (Ti Plasmid) पादपों में जीन स्थानांतरण हेतु प्रयुक्त होता है, अतः (D)-(I)।
सही सुमेलन: (A)-(III), (B)-(IV), (C)-(II), (D)-(I), जो विकल्प 3 है।
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Q.120
ICAR AIEEA PG Animal Biotechnology 09 July 2023 (Shift 1) Paper
Amino methyl coumarin (AMCA) is excited by UV light and emits bright blue fluorescence ($\sim 440\text{ to }450\text{ nm}$), matching (IV).
Rhodamine fluorophores (such as TRITC and Texas Red) emit in the red region of the spectrum ($\sim 570\text{ to }620\text{ nm}$), matching (I).
Fluorescein (FITC) emits in the visible green region ($\sim 520\text{ to }530\text{ nm}$), matching (II).
Allophycocyanin (APC) phycobiliprotein is matched to the blue-green / far-red category in this question set, matching (III).
Matching pairs: (A)-(IV), (B)-(I), (C)-(II), (D)-(III), which is option 4.
प्रतिदीप्ति डाई (Fluorophores) एवं उनके उत्सर्जन का रंग:
अमीनो मिथाइल कूमैरिन (AMCA) नीले रंग ($\sim 450\text{ nm}$) का प्रकाश उत्सर्जित करता है, अतः (A)-(IV)।
रोडामिन (Rhodamine/TRITC) लाल रंग का प्रकाश उत्सर्जित करता है, अतः (B)-(I)।
फ्लोरेसिन (FITC) चमकीले हरे रंग ($\sim 525\text{ nm}$) का प्रकाश उत्सर्जित करता है, अतः (C)-(II)।
एलोफाइकोसायनिन (APC) नीला हरा/सुदूर लाल उत्सर्जन दर्शाता है, अतः (D)-(III)।
सही सुमेलन: (A)-(IV), (B)-(I), (C)-(II), (D)-(III), जो विकल्प 4 है।
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