Recombinant DNA & Molecular Tools Practice Questions (Q1-5) - Animal Biotechnology

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ICAR PG Animal Biotechnology 09 Jul 2023Shift 1

MCQ (Single Correct) +4 −1

Which of the following methods are used to label the double stranded DNA?

(A) 5' - end labelling with polynucleotide kinase

(B) 3' - end labelling with polynulceotide kinase

(C) 5' - end labelling with terminal transferase

(D) 3' - end labelling with terminal trasferase

Choose the correct answer from the options given below:

द्वि-रज्जुक DNA (double stranded DNA) को लेबल करने के लिए निम्नलिखित में से किन विधियों का उपयोग किया जाता है?

(A) पॉलीन्यूक्लियोटाइड काइनेज के साथ 5' - सिरा लेबलिंग

(B) पॉलीन्यूक्लियोटाइड काइनेज के साथ 3' - सिरा लेबलिंग

(C) टर्मिनल ट्रांसफरेज़ के साथ 5' - सिरा लेबलिंग

(D) टर्मिनल ट्रांसफरेज़ के साथ 3' - सिरा लेबलिंग

नीचे दिए गए विकल्पों में से सही उत्तर चुनिए:

(A) and (D) only. केवल (A) और (D) (A), (B) and (C) only. केवल (A), (B) और (C) (C) and (D) only केवल (C) और (D) (B), (C) and (D) only. केवल (B), (C) और (D)

DNA end-labeling enzymatic reactions:

T4 polynucleotide kinase (PNK) transfers the $\gamma\text{-phosphate}$ from $[\gamma\text{-}^{32}\text{P}]\text{ATP}$ specifically to the free $5'$ hydroxyl end of DNA molecules, achieving $5'$ end-labeling (A).
Polynucleotide kinase cannot label $3'$ ends.
Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) cannot add nucleotides to $5'$ ends.
Terminal transferase (TdT) adds labeled deoxynucleotides or dideoxynucleotides (e.g., $[\alpha\text{-}^{32}\text{P}]\text{ddATP}$) specifically to the $3'\text{-OH}$ terminus of DNA molecules, achieving $3'$ end-labeling (D).

Therefore, (A) and (D) only are valid labeling methods (Option 1).

DNA सिरा लेबलिंग तकनीकें:

T4 पॉलीन्यूक्लियोटाइड काइनेज (PNK) एंजाइम $[\gamma\text{-}^{32}\text{P}]\text{ATP}$ से फॉस्फेट को DNA के $5'$ हाइड्रॉक्सिल सिरे पर स्थानांतरित करता है (5' - सिरा लेबलिंग)।
पॉलीन्यूक्लियोटाइड काइनेज 3' सिरे पर काम नहीं करता।
टर्मिनल ट्रांसफरेज़ 5' सिरे पर न्यूक्लियोटाइड नहीं जोड़ सकता।
टर्मिनल ट्रांसफरेज़ (TdT) एंजाइम लेबल किए गए न्यूक्लियोटाइड्स को DNA के $3'$ हाइड्रॉक्सिल सिरे पर जोड़ता है (3' - सिरा लेबलिंग)।

अतः केवल (A) और (D) सही विधियां हैं (विकल्प 1)।

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ICAR PG Animal Biotechnology 09 Jul 2023Shift 1

MCQ (Single Correct) +4 −1

Which RNA molecule with the following feature used for cDNA synthesis?

cDNA संश्लेषण के लिए निम्नलिखित विशेषता वाले किस RNA अणु का उपयोग किया जाता है?

RNA with highly methylated region near to 3' end. 3' सिरे के पास अत्यधिक मिथाइलीकृत क्षेत्र वाला RNA RNA with leader sequence at 5' end. 5' सिरे पर लीडर अनुक्रम वाला RNA RNA with -CCA sequence at 3' end. 3' सिरे पर -CCA अनुक्रम वाला RNA RNA with poly(A) tail at 3' end. 3' सिरे पर पॉली-A पूंछ वाला RNA

ICAR PG Animal Biotechnology 09 Jul 2023Shift 1

MCQ (Single Correct) +4 −1

Which of the following parameters affect the annealing of primer to the template in PCR?

(A) Nucleotide sequence of the primer.

(B) Temperature of annealing.

(C) Specificity of Taq DNA Polymerase.

(D) GC content of the template.

(E) Concentration of Mg2+ ions.

Choose the correct answer from the options given below:

PCR में टेम्पलेट से प्राइमर के एनीलिंग (annealing) को निम्नलिखित में से कौन-से पैरामीटर प्रभावित करते हैं?

(A) प्राइमर का न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम।

(B) एनीलिंग का तापमान।

(C) Taq DNA पोलीमरेज़ की विशिष्टता।

(D) टेम्पलेट की GC मात्रा।

(E) $\text{Mg}^{2+}$ आयनों की सांद्रता।

नीचे दिए गए विकल्पों में से सही उत्तर चुनिए:

(A), (B) and (D) only. केवल (A), (B) और (D) (A), (B), (D) and (E) only. केवल (A), (B), (D) और (A), (B), (C) and (D) only. केवल (A), (B), (C) और (D) (B), (D) and (E) only. केवल (B), (D) और

Factors determining primer-template annealing in PCR:

Primer nucleotide sequence determines complementary hydrogen bonding and melting temperature ($T_m$).
Annealing temperature directly controls hybridization stringency.
Taq DNA polymerase specificity influences extension fidelity and processivity during elongation, but does not affect the thermodynamic hybridization of primers to template strands.
Template GC content affects secondary structures and strand dissociation.
Divalent $\text{Mg}^{2+}$ ions shield negative charges on DNA phosphate backbones, greatly affecting annealing kinetics and stability.

Therefore, (A), (B), (D), and (E) only influence primer annealing (Option 2).

PCR में प्राइमर एनीलिंग को प्रभावित करने वाले कारक:

प्राइमर का न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम $T_m$ मान और हाइड्रोजन बंधन को निर्धारित करता है।
एनीलिंग का तापमान सीधे संकरण (hybridization) को नियंत्रित करता है।
Taq DNA पोलीमरेज़ की विशिष्टता दीर्घीकरण चरण में काम आती है, प्राइमर एनीलिंग के भौतिक संकरण को प्रभावित नहीं करती।
टेम्पलेट की GC मात्रा द्वितीयक संरचना और एनीलिंग को प्रभावित करती है।
$\text{Mg}^{2+}$ आयन DNA फॉस्फेट की रीढ़ को स्थिर कर एनीलिंग स्थिरता को बदलते हैं।

अतः (A), (B), (D) और (E) सही हैं (विकल्प 2)।

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ICAR PG Animal Biotechnology 09 Jul 2023Shift 1

MCQ (Single Correct) +4 −1

Which of the following process helps to ascertain the specificity of amplification in the case of realtime PCR technique?

रीयल-टाइम PCR (realtime PCR) तकनीक के मामले में प्रवर्धन की विशिष्टता (specificity of amplification) का पता लगाने में निम्नलिखित में से कौन-सी प्रक्रिया मदद करती है?

Cycle threshold साइकिल थ्रेशोल्ड Sequencing of amplified products. प्रवर्धित उत्पादों का अनुक्रमण। Amplification associated florescence. प्रवर्धन संबद्ध प्रतिदीप्ति। Melt curve analysis मेल्ट कर्व विश्लेषण

Verification of amplicon specificity in qPCR:

Cycle threshold ($C_t$) reflects initial template quantity, not sequence specificity.
Product sequencing is an independent downstream verification method, not an integral step of real-time PCR run analysis.
Fluorescence intensity reflects accumulated double-stranded DNA during SYBR Green assays, including non-specific products.
Melt curve (dissociation curve) analysis measures fluorescence decay as temperature rises slowly post-amplification; specific amplicons produce a distinct, sharp melting peak at their characteristic melting temperature ($T_m$), easily differentiating them from primer-dimers and non-specific products.

Therefore, option 4 (Melt curve analysis) is the correct answer.

qPCR में प्रवर्धन विशिष्टता का सत्यापन:

साइकिल थ्रेशोल्ड ($C_t$) प्रारंभिक टेम्पलेट की मात्रा दर्शाता है।
अनुक्रमण एक अलग तकनीक है।
प्रतिदीप्ति तीव्रता कुल dsDNA को मापती है।
मेल्ट कर्व विश्लेषण (Melt curve analysis) तापमान बढ़ने पर प्रतिदीप्ति में गिरावट को मापता है; विशिष्ट उत्पाद अपने निश्चित गलनांक ($T_m$) पर एक स्पष्ट एकल पीक दर्शाते हैं, जिससे वे प्राइमर-डाइमर और गैर-विशिष्ट उत्पादों से अलग पहचाने जाते हैं।

अतः विकल्प 4 सही उत्तर है।

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ICAR PG Animal Biotechnology 09 Jul 2023Shift 1

Assertion & Reason +4 −1

Given below are two statements, one is labeled as

Assertion (A) : and other one labeled as Reason (R).

Assertion (A) : Bacterial artificial chromosome is useful for the synthesis of RNA used for in vitro translation.

Reason (R) : Bacterial artificial chromosome is F factor based cloning vector possessing SP6 and T 7 promotor.

In light of the above statements, choose the correct answer from the options given below.

नीचे दो कथन दिए गए हैं, एक को अभिकथन (A) और दूसरे को कारण (R) के रूप में लेबल किया गया है:

अभिकथन (A) : जीवाणु कृत्रिम गुणसूत्र (Bacterial artificial chromosome) इन विट्रो अनुवाद के लिए उपयोग किए जाने वाले RNA के संश्लेषण के लिए उपयोगी है।

कारण (R) : जीवाणु कृत्रिम गुणसूत्र F कारक आधारित क्लोनिंग वेक्टर है जिसमें SP6 और T7 प्रमोटर होते हैं।

उपरोक्त कथनों के आलोक में, नीचे दिए गए विकल्पों में से सही उत्तर चुनिए:

Both (A) and (R) are true and (R) is the correct explanation of (A). (A) और (R) दोनों सत्य हैं और (R), (A) की सही व्याख्या है। Both (A) and (R) are true but (R) is NOT the correct explanation of (A). (A) और (R) दोनों सत्य हैं लेकिन (R), (A) की सही व्याख्या नहीं है। (A) is true but (R) is false. (A) सत्य है लेकिन (R) असत्य है। (A) is false but (R) is true. (A) असत्य है लेकिन (R) सत्य है।

Features and utility of Bacterial Artificial Chromosomes (BAC):

Assertion (A) is true: Modern BAC cloning vectors (such as pBeloBAC11) are extensively used to generate run-off RNA transcripts for in vitro translation experiments.
Reason (R) is true: BAC vectors are derived from the E. coli fertility plasmid (F-factor) and are engineered with bacteriophage promoters, specifically SP6 and T7 promoters, flanking the multiple cloning site.
The presence of SP6 and T7 phage promoters enables high-yield, specific in vitro transcription of the insert into translatable RNA transcripts, fully explaining Assertion (A).
Therefore, both (A) and (R) are true and (R) is the correct explanation of (A).

जीवाणु कृत्रिम गुणसूत्र (BAC) की विशेषताएं:

अभिकथन (A) सत्य है: BAC वेक्टर्स का उपयोग इन विट्रो अनुवाद के लिए आवश्यक RNA प्रतिलेखों के संश्लेषण में व्यापक रूप से किया जाता है।
कारण (R) सत्य है: BAC वेक्टर्स ई. कोलाई के F-कारक प्लास्मिड पर आधारित होते हैं और इनमें क्लोनिंग साइट के दोनों ओर बैक्टीरियोफेज SP6 और T7 प्रमोटर उपस्थित होते हैं।
SP6 और T7 प्रमोटरों की उपस्थिति ही इन विट्रो RNA प्रतिलेखन और अनुवाद को संभव बनाती है, जो अभिकथन (A) की सही व्याख्या है।
अतः (A) और (R) दोनों सत्य हैं और (R), (A) की सही व्याख्या है।