DNA sequencing followed by genome annotation are steps of:

All Subjects General Agriculture, Cell Biology, Genetics, Biochemistry & Plant Protection Plant Biochemistry Plant Biotechnology & Molecular Biology Plant Physiology / Crop Physiology

Q.76

ICAR AIEEA PG Plant Biotechnology 14 July 2023 Shift-1 Paper

MCQ (Single Correct)

A type of B-lymphocyte that produces antibody is:

एंटीबॉडी का उत्पादन करने वाला बी-लिम्फोसाइट का एक प्रकार है:

Erythrocyte एरिथ्रोसाइट Adipocyte एडिपोसाइट Plasma cell प्लाज्मा कोशिका Memory cell स्मृति कोशिका

Differentiation and effector function of B lymphocytes:

Upon antigen encounter and T-helper cell activation, naive mature B cells proliferate and differentiate into two distinct cell populations: memory B cells and plasma cells.
Plasma cells (effector B cells) develop extensive rough endoplasmic reticulum and specialized Golgi apparatus to secrete thousands of antigen-specific immunoglobulin (antibody) molecules per second into circulation.
Memory cells persist long-term for secondary immune responses, but do not actively secrete mass antibodies.

Therefore, Plasma cells are the antibody-producing B-lymphocytes.

बी-लिम्फोसाइट और एंटीबॉडी उत्पादन:

जब बी-लिम्फोसाइट एंटीजन के संपर्क में आते हैं, तो वे विभाजित होकर दो प्रकार की कोशिकाओं का निर्माण करते हैं - प्लाज्मा कोशिकाएं और स्मृति (Memory) कोशिकाएं।
प्लाज्मा कोशिकाएं (Plasma cells) विभेदित प्रभावकारी बी-कोशिकाएं हैं जो रक्त और लसीका में प्रति सेकंड हजारों एंटीबॉडी अणुओं का स्राव करती हैं।

अतः एंटीबॉडी का उत्पादन करने वाली बी-कोशिकाएं प्लाज्मा कोशिकाएं हैं।

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Q.77

ICAR AIEEA PG Plant Biotechnology 14 July 2023 Shift-1 Paper

Match the Following

Match List-I with List-II:

Choose the correct answer from the options given below:

सूची-I को सूची-II से सुमेलित कीजिए:

नीचे दिए गए विकल्पों में से सही उत्तर का चयन कीजिए:

List - I सूची - I A		List - II सूची - II I
A	Orthologues ऑर्थोलॉग्स	I	Removal of introns इंट्रॉन्स को हटाना
B	Splicing स्प्लिसिंग	II	Protein fingerprinting प्रोटीन फिंगरप्रिंटिंग
C	Mass spectrometry मास स्पेक्ट्रोमेट्री	III	Protein database प्रोटीन डेटाबेस
D	UniProt यूनीप्रोट	IV	Homologous genes found in different organisms विभिन्न जीवों में पाए जाने वाले समजात जीन

(A) - (II), (B) - (III), (C) - (IV), (D) - (I) (A) - (II), (B) - (III), (C) - (IV), (D) - (I) (A) - (IV), (B) - (III), (C) - (I), (D) - (II) (A) - (IV), (B) - (III), (C) - (I), (D) - (II) (A) - (IV), (B) - (I), (C) - (II), (D) - (III) (A) - (IV), (B) - (I), (C) - (II), (D) - (III) (A) - (III), (B) - (II), (C) - (IV), (D) - (I) (A) - (III), (B) - (II), (C) - (IV), (D) - (I)

Key terms and concepts in genomics and proteomics:

Orthologues: Homologous genes in different species that diverged as a result of a speciation event -> (IV).
Splicing: The post-transcriptional processing of pre-mRNA in which intervening non-coding introns are excised and exons ligated -> (I).
Mass spectrometry: Analytical proteomic tool used for peptide mass fingerprinting and protein identification -> (II).
UniProt: Universal Protein Resource, the comprehensive open-access database of protein sequences and functional annotations -> (III).

Therefore, the correct match is (A) - (IV), (B) - (I), (C) - (II), (D) - (III).

प्रमुख आणविक अवधारणाओं का मिलान:

ऑर्थोलॉग्स (Orthologues): विभिन्न जातियों में पाए जाने वाले समजात जीन जो जाति-उद्भवन (Speciation) के कारण अलग हुए हैं -> (IV)।
स्प्लिसिंग (Splicing): प्राथमिक आरएनए से इंट्रॉन्स को काटकर अलग करने की प्रक्रिया -> (I)।
मास स्पेक्ट्रोमेट्री: पेप्टाइड द्रव्यमान के आधार पर प्रोटीन की पहचान और फिंगरप्रिंटिंग तकनीक -> (II)।
यूनीप्रोट (UniProt): प्रोटीन अनुक्रम और कार्यों का प्रमुख वैश्विक डेटाबेस -> (III)।

अतः सही मिलान (A) - (IV), (B) - (I), (C) - (II), (D) - (III) है।

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Q.78

ICAR AIEEA PG Plant Biotechnology 14 July 2023 Shift-1 Paper

MCQ (Single Correct)

DNA sequencing followed by genome annotation are steps of:

डीएनए अनुक्रमण और उसके बाद जीनोम एनोटेशन किसके चरण हैं?

Comparative Genomics तुलनात्मक जीनोमिक्स Functional Genomics कार्यात्मक जीनोमिक्स Transcriptomics ट्रांसक्रिप्टोमिक्स Structural Genomics संरचनात्मक जीनोमिक्स

Subdisciplines of Genomics:

Structural Genomics focuses on characterization of the physical nature of entire genomes, primarily encompassing high-throughput whole-genome DNA sequencing, assembly, and initial structural genome annotation (identifying gene loci, open reading frames, splice junctions, and repeat elements).
Functional Genomics investigates gene expression patterns, transcript levels (transcriptomics), protein functions (proteomics), and mutant phenotypes.
Comparative Genomics compares complete genomes across evolutionary lineages.

Therefore, whole-genome sequencing and structural annotation are steps of Structural Genomics.

जीनोमिक्स की शाखाएं:

संरचनात्मक जीनोमिक्स (Structural Genomics): संपूर्ण जीनोम के भौतिक संगठन, उच्च-थ्रूपुट डीएनए अनुक्रमण, असेंबली और जीनोम एनोटेशन (जीन स्थलों की पहचान) से संबंधित है।
कार्यात्मक जीनोमिक्स: जीनों के कार्यों और अभिव्यक्ति का अध्ययन करता है।
तुलनात्मक जीनोमिक्स: विभिन्न जातियों के जीनोम की तुलना करता है।

अतः डीएनए अनुक्रमण और जीनोम एनोटेशन संरचनात्मक जीनोमिक्स के मुख्य चरण हैं।

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Q.79

ICAR AIEEA PG Plant Biotechnology 14 July 2023 Shift-1 Paper

MCQ (Single Correct)

The intercalating agent used as a stain for visualizing DNA under UV light is:

पराबैंगनी प्रकाश में डीएनए को देखने के लिए दाग के रूप में उपयोग किया जाने वाला इंटरकेलेटिंग एजेंट है:

Ethidium Bromide एथिडियम ब्रोमाइड Bromophenol blue ब्रोमोफेनॉल ब्लू Silver Nitrate सिल्वर नाइट्रेट X-Gal एक्स-गैल

Mechanism of Ethidium Bromide (EtBr) fluorescence:

Ethidium Bromide is a planar polycyclic aromatic dye that intercalates between stacked nitrogenous base pairs of double-stranded DNA.
Upon exposure to UV radiation (around 300 nm transilluminator), intercalated EtBr absorbs UV light and re-emits intense orange-red visible fluorescence (around 590 nm), with a 20- to 25-fold fluorescence enhancement compared to free dye in solution.
Bromophenol blue is a tracking dye, silver nitrate is an all-around non-fluorescent protein/DNA stain, and X-Gal is a chromogenic substrate for beta-galactosidase.

Therefore, Ethidium Bromide is the intercalating agent.

एथिडियम ब्रोमाइड (EtBr) की कार्यप्रणाली:

एथिडियम ब्रोमाइड एक एरोमैटिक इंटरकेलेटिंग डाई है जो डीएनए के दोहरे हेलिक्स में बेस पेयर्स के बीच समा जाती है।
जब इस पर पराबैंगनी (UV) प्रकाश डाला जाता है, तो यह पराबैंगनी किरणों को अवशोषित कर नारंगी-लाल रंग की चमकीली प्रतिदीप्ति (Fluorescence) उत्सर्जित करती है।
ब्रोमोफेनॉल ब्लू केवल माइग्रेशन देखने के लिए ट्रैकिंग डाई है।

अतः डीएनए को UV प्रकाश में देखने हेतु प्रयुक्त इंटरकेलेटिंग एजेंट एथिडियम ब्रोमाइड है।

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Q.80

ICAR AIEEA PG Plant Biotechnology 14 July 2023 Shift-1 Paper

MCQ (Single Correct)

An example for a scorable marker in Genetic engineering is:

आनुवंशिक अभियांत्रिकी में एक स्कोर करने योग्य मार्कर का उदाहरण है:

hpt hpt gus gus amp amp nptII nptII

General Agriculture, Cell Biology, Genetics, Biochemistry & Plant Protection

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Elements of Crop Production, Agronomy and Soils of India Historical Perspective, Agricultural Education and Research Setup in India Elements of Genetics, Plant Breeding and Seed Technology Major Pests, Diseases and Crop Protection Principles Agricultural Statistics, Experimental Designs and Chi-Square Testing

Plant Biochemistry

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Carbohydrate Metabolism: Glycolysis, Fermentation, Pentose Phosphate Pathway and TCA Cycle Lipids, Fatty Acid Classification, Triglyceride and Membrane Lipid Biosynthesis Amino Acids, Peptides and Structural Organization of Proteins Enzymology: Classification, Catalytic Mechanisms, Active Sites and Allosteric Kinetics Nitrogen Assimilation: Nitrate Reductase, GS-GOGAT Pathway and Biological Nitrogen Fixation Analytical Biochemical Techniques: Chromatography, Electrophoresis, Centrifugation and Spectroscopy Acid-Base Balance, Buffers, Thermodynamics and Cell Bioenergetics Mitochondrial Electron Transport Chain, Oxidative Phosphorylation and Inhibitors Vitamins, Coenzymes and Trace Minerals in Biochemical Catalysis Lipid Catabolism: Fatty Acid Activation, Beta-Oxidation and Glyoxylate Cycle Chemistry, Structure and Stereochemistry of Carbohydrates Secondary Plant Metabolites: Phenolics, Terpenoids, Alkaloids and Shikimate Pathway

Plant Biotechnology & Molecular Biology

15 Topics

Functional Genomics, RNA Interference (RNAi), Genome Editing (CRISPR-Cas) and Biosafety/IPR Active Polymerase Chain Reaction, cDNA/Genomic Libraries and Blotting Techniques DNA/RNA Chemistry, Replication and DNA Repair Mechanisms Transcription, RNA Polymerases, Promoters and Post-Transcriptional Processing Restriction Enzymes, DNA Modifying Enzymes and Molecular Cloning Vectors Genetic Code, Wobble Hypothesis, Translation and Post-Translational Modifications Cell Ultrastructure, Organelles, Cell Cycle and Chromatin Architecture Genetic Transformation: Agrobacterium-Mediated Gene Transfer and Ti Plasmid Plant Tissue Culture Principles: Totipotency, Media, Explants and Organogenesis Protoplast Isolation, Fusion, Somatic Hybridization and Cybrids Molecular Markers (RFLP, RAPD, AFLP, SSR, SNP) and Marker-Assisted Selection Prokaryotic and Eukaryotic Gene Regulation, Operons and Epigenetics Somatic Embryogenesis, Synthetic Seeds and Micropropagation Systems Anther Culture, Haploids, Embryo Rescue and Somaclonal Variations Direct/Physical Gene Transfer: Biolistics, Electroporation and Chemical Methods

Plant Physiology / Crop Physiology

14 Topics

Plant Water Relations: Water Potential, Osmotic Pressure, Apoplast/Symplast and Transpiration Abiotic Stress Physiology: Drought, Salinity, Temperature Extremes and Postharvest Physiology Photosynthesis: Light Harvesting, Photosystems, Z-Scheme and Electron Transport Plant Growth Regulators: Auxins, Gibberellins and Cytokinins Mineral Nutrition: Essential Macro/Micro Nutrients, Uptake Mechanisms and Deficiency Symptoms Photorespiration (C2 Cycle), Limiting Factors and Light Compensation Points Carbon Assimilation: C3 Calvin Cycle, C4 Dicarboxylic Pathway and CAM Plants Growth Analysis Parameters: LAI, CGR, RGR, NAR, HI and Water Use Efficiency (WUE) Seed Physiology: Development, Orthodox/Recalcitrant Classification, Dormancy and Germination Photomorphogenesis: Phytochromes (Pr/Pfr), Cryptochromes and Photoperiodism Stress Hormones and Growth Inhibitors: Ethylene, Abscisic Acid, Brassinosteroids and Strigolactones Vernalization, Flowering Physiology and Biological Clocks Plant Respiration: Glycolytic Flux, Pentose Shunt and Alternative Oxidase (AOX) Pathway Phloem Translocation: Source-Sink Dynamics, Phloem Loading and Unloading

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