Which of the following parameters affect the annealing of primer to the template in PCR?
(A) Nucleotide sequence of the primer.
(B) Temperature of annealing.
(C) Specificity of Taq DNA Polymerase.
(D) GC content of the template.
(E) Concentration of Mg2+ ions.
Choose the correct answer from the options given below:
PCR में टेम्पलेट से प्राइमर के एनीलिंग (annealing) को
निम्नलिखित में से कौन-से पैरामीटर प्रभावित करते हैं?
(A) प्राइमर का न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम।
(B) एनीलिंग का तापमान।
(C) Taq DNA पोलीमरेज़ की विशिष्टता।
(D) टेम्पलेट की GC मात्रा।
(E) $\text{Mg}^{2+}$ आयनों की सांद्रता।
नीचे दिए गए विकल्पों में से सही उत्तर चुनिए:
Factors determining primer-template annealing in PCR:
- Primer nucleotide sequence determines complementary hydrogen bonding and melting temperature ($T_m$).
- Annealing temperature directly controls hybridization stringency.
- Taq DNA polymerase specificity influences extension fidelity and processivity during elongation, but does not affect the thermodynamic hybridization of primers to template strands.
- Template GC content affects secondary structures and strand dissociation.
- Divalent $\text{Mg}^{2+}$ ions shield negative charges on DNA phosphate backbones, greatly affecting annealing kinetics and stability.
Therefore, (A), (B), (D), and (E) only influence primer annealing (Option 2).
PCR में प्राइमर एनीलिंग को प्रभावित करने वाले कारक:
- प्राइमर का न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम $T_m$ मान और हाइड्रोजन बंधन को निर्धारित करता है।
- एनीलिंग का तापमान सीधे संकरण (hybridization) को नियंत्रित करता है।
- Taq DNA पोलीमरेज़ की विशिष्टता दीर्घीकरण चरण में काम आती है, प्राइमर एनीलिंग के भौतिक संकरण को प्रभावित नहीं करती।
- टेम्पलेट की GC मात्रा द्वितीयक संरचना और एनीलिंग को प्रभावित करती है।
- $\text{Mg}^{2+}$ आयन DNA फॉस्फेट की रीढ़ को स्थिर कर एनीलिंग स्थिरता को बदलते हैं।
अतः (A), (B), (D) और (E) सही हैं (विकल्प 2)।
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