Which of the following scores are not considered while calculating the SP scores?
In multiple sequence alignment (MSA), the Sum of Pairs (SP) score sums the scores of all pairwise alignments in each column:
$$SP = \sum_{i \lt j} \text{Score}(s_i, s_j)$$This calculation includes pairwise substitution scores (matches and mismatches) and pairwise gap costs/penalties between each pair of residues.
The isolated "number of gap penalties" is not counted as an independent score; rather, specific gap costs associated with pairwise residue-gap and gap-gap alignments are computed.
मल्टीपल सीक्वेंस अलाइनमेंट (MSA) में Sum of Pairs (SP) स्कोर प्रत्येक स्तंभ में सभी संभव अनुक्रम युग्मों के योग से निकाला जाता है।
इसमें सभी संभावित युग्मवार मिलान (matches), बेमेल (mismatches) और गैप लागत (gap costs) को शामिल किया जाता है।
केवल 'गैप दंडों की संख्या (Number of gap penalties)' को स्वतंत्र रूप से नहीं गिना जाता।